Zymo Quick-ITS™ Plus
Il metodo di preparazione delle librerie più semplice e veloce per il sequenziamento ITS rRNA.
Il Quick-ITS Plus™ NGS Library Prep Kit di Zymo Research è un kit progettato per la preparazione di librerie destinate al sequenziamento del DNA del transcribed spacer interno (ITS), una regione altamente variabile del DNA che si trova tra i geni ribosomali 18S, 5.8S e 28S nei funghi.
Questa regione è utilizzata principalmente per l’identificazione e la classificazione delle comunità fungine in studi di microbioma.
Il kit Quick-ITS™ Plus NGS Library Prep (UDI) utilizza una singola qPCR/PCR per l’amplificazione mirata combinata al barcoding utilizzando primer appositamente progettati. Dopo che volumi uguali dei diversi campioni vengono uniti in un unico pool, si esegue un’unica pulizia della libreria finale, invece di pulire le microsfere magnetiche in più pozzetti. Non sono necessarie ulteriori analisi di quantificazione della libreria, come l’analisi TapeStation® o l’elettroforesi su gel. Con questo flusso di lavoro, il tempo di preparazione delle librerie ITS si riduce a soli 30 minuti.
Applicazioni: viene utilizzato per definire la composizione fungina di campioni complessi come campioni di suolo, acqua, cibo, o campioni clinici (ad es. microbioma intestinale, orale, cutaneo).
Il Quick-ITS Plus NGS Library Prep di Zymo Research offre una serie di vantaggi applicativi:
- Sequenziamento della regione ITS: L’ITS è comunemente utilizzato come marcatore molecolare per studiare la diversità fungina perché presenta variabilità tra specie diverse. Questo kit è progettato per amplificare in modo specifico le regioni ITS, consentendo l’identificazione accurata dei funghi.
- Preparazione delle librerie NGS: Il kit consente di generare librerie NGS pronte per il sequenziamento sulle piattaforme comuni come Illumina. Include tutti i passaggi necessari per l’amplificazione e la purificazione del DNA, nonché l’aggiunta degli adattatori per il sequenziamento.
- Compatibilità con campioni complessi: È particolarmente adatto per analizzare campioni ambientali o clinici che contengono comunità miste di funghi, come suolo, piante, acqua, o tessuti biologici, permettendo di ottenere un profilo completo della diversità fungina.
- Alta precisione e riproducibilità: Il kit è progettato per minimizzare i bias di amplificazione, fornendo dati accurati e riproducibili, specialmente quando si tratta di campioni con popolazioni fungine diverse.
- Facilità d’uso e rapidità: Come per altri kit di Zymo Research, il protocollo è stato ottimizzato per essere semplice e rapido, riducendo i tempi di preparazione della libreria e migliorando l’efficienza del flusso di lavoro. Quick-ITS Plus NGS Library Prep è il kit di preparazione delle librerie più semplice e veloce per il sequenziamento del ITS (30 minuti di preparazione rispetto le 4 ore necessarie con il protocollo di Illumina).
- Quantità minima di DNA: Il kit funziona con una quantità ridotta di DNA, rendendolo adatto a campioni con bassa resa di DNA o con funghi difficili da coltivare.
Aspergillosi polmonare invasiva, una diagnosi salvavita.
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La PCR quantitativa Real Time (qPCR) è diventata la tecnologia molecolare più utilizzata per le applicazioni diagnostiche progettate per rilevare e quantificare gli agenti patogeni. I test qPCR specifici per l’Aspergillus sono stati proposti come alternativa alle procedure diagnostiche convenzionali per l’Aspergillosi Invasiva, nei casi in cui la diagnosi e il trattamento precoci sono critici
AspID è un test qPCR multiplex che utilizza la chimica qPCR più diffusa, basata sul rilevamento della luce emessa da sonde di idrolisi e rilevata attraverso diversi canali fluorescenti. Il kit è progettato per rilevare il DNA genomico delle specie di Aspergillus clinicamente rilevanti, con identificazione simultanea dell’Aspergillus terreus, che fornisce informazioni clinicamente utili a causa della resistenza intrinseca di quest’ultimo all’Amfotericina B.
L’identificazione simultanea dell’Aspergillus terreus, permette di fornire informazioni clinicamente utili a causa della resistenza intrinseca del fungo all’Amfotericina B (antimicotico prodotto da Streptomyces nodosus e comunemente utilizzato per il trattamento di micosi profonde e sistemiche).
Il kit è validato per rilevare il DNA presente nei campioni diretti: BAL, siero e plasma.
Dunque, evita i metodi colturali riducendo il tempo di diagnosi dell’Aspergillosi Invasiva e aumentando la sopravvivenza del paziente.
AspID è un kit “aperto” in quanto è utilizzabile sui più comuni strumenti presenti nei laboratori. Ne citiamo solo alcuni.
ESTRAZIONE: Qiagen EZ1, QiaSymphony, Qiagen QIAamp spin column, Molysis from Molzym, Roche MagnaPure, Qiagen QIACube.
AMPLIFICAZIONE: BioRad CFX96, Illumna Eco, PCR MAX Eco, Roche LC480 (II), BMS MIC, ABI 7500 Fast, Qiagen RotorGene
AspID permette una diagnosi in breve tempo, consentendo al clinico di avviare una terapia specifica. Il corretto utilizzo di AspID prevede la valutazione ed interpretazione del risultato in relazione al contesto clinico del paziente.
Aspergillus è intrinsecamente presente nell’ambiente e le spore sono trasportate nell’aria, c’è quindi la possibilità di contaminazione ambientale durante la preparazione del test. Inoltre Aspergillus può dare colonizzazione delle vie aeree, senza però sviluppare una patologia. Per questo motivo il risultato di AspID deve sempre essere valutato in relazione agli “host factors” ed i segni clinici presenti.
L’utilizzo di AspID in associazione ad altri test per l’identificazione di Aspergillosi Polmonare Invasiva, come AspLFD, test immunocromatografico (Lateral Flow Device), permette una miglior valutazione del paziente ed una diagnosi rapida e maggiormente accurata.
Il “Journal of Fungi, ha pubblicato il paper “Evaluation of the new AspID polymerase chain reaction assay
for detection of Aspergillus species: A pilot study”.
Gli autori sono: Juergen Prattes, Martin Hoenig, Stefanie E.-M. Zinke, Sven Heldt,Susanne Eigl, Gemma L. Johnson, Stephen Bustin, Evelyn Stelzl, Harald H. Kessler
Di cui riportiamo il riassunto:
The newly developed AspID PCR assay for detection of Aspergillus spp. was evaluated with an interlaboratory quality control programme panel and human bronchoalveolar lavage fluid (BALF) samples. With the quality control programme, 8 out of 9 panel members were correctly identified. With the clinical study, 36 BALF samples that had been obtained from 18 patients with invasive pulmonary aspergillosis (IPA) and 18 without IPA were investigated. Sensitivity, specificity, positive and negative likelihood ratio for the AspID assay were 94.1% (95% CI 73.3-99.9), 76.5% (95% CI 50.1-93.2), 4 (95% CI 1.7-9.5) and 0.1 (95% CI 0.01-0.5) respectively.
AspID, così come AspLFD, si può acquistare tramite trattativa diretta sul MEPA, presentando domanda all’ufficio amministrazione della propria struttura. Il kit, infatti, avendo prestazioni uniche sul mercato è accompagnato da dichiarazione di unicità. LionDx è a tua disposizione per formulare la migliore offerta e sostenerti nel percorso di richiesta e di acquisto.