ChapterDx MLSTnext
Test innovativi per il sequenziamento genomico e la tipizzazione di ceppi batterici e fungini.
ChapterDx è un’azienda specializzata nello sviluppo di soluzioni avanzate per la diagnostica molecolare, con un focus particolare su tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS), grazie a test innovativi per il sequenziamento genomico e la tipizzazione di ceppi batterici e fungini, come il sistema MLSTnext, progettato per la caratterizzazione genetica dettagliata di microrganismi.
Le library prep per NGS di ChapterDx vengono eseguite nelle seguenti fasi:
- Estrazione del DNA (non fornita nel kit)
- PCR multiplex
- Pooling e purificazione
- Sequenziamento
Durante la reazione di PCR, avviene simultaneamente l’amplificazione e l’indicizzazione/codifica di ciascun campione. Una volta completata la PCR, gli ampliconi derivanti dai diversi campioni vengono combinati in un’unica provetta. Le fasi successive, inclusa la pulizia e il sequenziamento, si svolgono su questa singola provetta, indipendentemente dal numero di campioni iniziali.
Dopo la fase di purificazione, la libreria viene sottoposta a sequenziamento su una piattaforma Illumina. Il flusso di lavoro completo ha una durata di circa 24 ore, di cui solo 3 ore dedicate alla preparazione della library (oltre 2 ore di incubazione e 30 minuti di liquid handling) ed il resto al sequenziamento. L’analisi dei dati viene completata in meno di 30 minuti.
I test NGS di ChapterDx sono progettati per offrire una soluzione di sequenziamento di nuova generazione ad alta risoluzione, semplice e vantaggiosa.
ChapterDx HPV-STI Test:
- Rileva e quantifica 41 patogeni tra HPV e infezioni a trasmissione sessuale in una singola reazione di PCR.
- La semplicità del formato monoreazione riduce il tempo e i costi di analisi.
Salmonella Serotyping:
- Analizza 46 loci altamente polimorfici, consentendo la differenziazione dettagliata tra sierotipi di Salmonella e la discriminazione tra specie dello stesso sierotipo.
- Capacità di rilevare fino a quattro specie diverse di salmonella dallo stesso campione.
MLSTnext Listeria Genotyping:
- Analizza 69 loci polimorfici nel genoma di Listeria monocytogenes, fornendo una genotipizzazione ad alta risoluzione per rintracciare la fonte di contaminazione.
MLSTnext E. coli STEC:
- Analizza 100 loci, compresi antigeni O e fattori di virulenza, consentendo una tipizzazione dettagliata e la tracciabilità di E. coli STEC.
MLSTnext Campylobacter Genotyping:
- Analizza 80 loci nel genoma di vari Campylobacter spp., consentendo la distinzione dei sierotipi e la tracciabilità delle fonti di contaminazione.
ChapterDx Microbial ID (Gene 16S):
- Identifica una vasta gamma di batteri attraverso l’analisi del gene 16S, applicabile per diagnosi patogene, contaminazione alimentare e analisi ambientale.
ChapterDx Bacteria and Fungi ID:
- Analizza le regioni 16S e ITS per un’identificazione completa di batteri e funghi, applicabile in contesti patogeni e ambientali.
MLSTnext Legionella:
- Analizza più di 50 loci polimorfici nel genoma di Legionella, fornendo una tipizzazione sierotipica ad alta risoluzione e la tracciabilità della fonte di contaminazione.
MLSTnext Cyclospora:
- Genotipizzazione ad alta risoluzione per il rilevamento e il tracciamento di Cyclospora, analizzando oltre 50 loci polimorfici.
MLSTnext Hepatitis A:
- Analizza 10 loci polimorfici per la genotipizzazione del virus dell’epatite A, utile per tracciare focolai d’infezione.
MLSTnext Mpox (Monkeypox):
- Sequenzia 21 loci polimorfici del virus Mpox, consentendo una sorveglianza virale avanzata e la discriminazione tra lignaggi.
Aspergillosi polmonare invasiva, una diagnosi salvavita.
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La PCR quantitativa Real Time (qPCR) è diventata la tecnologia molecolare più utilizzata per le applicazioni diagnostiche progettate per rilevare e quantificare gli agenti patogeni. I test qPCR specifici per l’Aspergillus sono stati proposti come alternativa alle procedure diagnostiche convenzionali per l’Aspergillosi Invasiva, nei casi in cui la diagnosi e il trattamento precoci sono critici
AspID è un test qPCR multiplex che utilizza la chimica qPCR più diffusa, basata sul rilevamento della luce emessa da sonde di idrolisi e rilevata attraverso diversi canali fluorescenti. Il kit è progettato per rilevare il DNA genomico delle specie di Aspergillus clinicamente rilevanti, con identificazione simultanea dell’Aspergillus terreus, che fornisce informazioni clinicamente utili a causa della resistenza intrinseca di quest’ultimo all’Amfotericina B.
L’identificazione simultanea dell’Aspergillus terreus, permette di fornire informazioni clinicamente utili a causa della resistenza intrinseca del fungo all’Amfotericina B (antimicotico prodotto da Streptomyces nodosus e comunemente utilizzato per il trattamento di micosi profonde e sistemiche).
Il kit è validato per rilevare il DNA presente nei campioni diretti: BAL, siero e plasma.
Dunque, evita i metodi colturali riducendo il tempo di diagnosi dell’Aspergillosi Invasiva e aumentando la sopravvivenza del paziente.
AspID è un kit “aperto” in quanto è utilizzabile sui più comuni strumenti presenti nei laboratori. Ne citiamo solo alcuni.
ESTRAZIONE: Qiagen EZ1, QiaSymphony, Qiagen QIAamp spin column, Molysis from Molzym, Roche MagnaPure, Qiagen QIACube.
AMPLIFICAZIONE: BioRad CFX96, Illumna Eco, PCR MAX Eco, Roche LC480 (II), BMS MIC, ABI 7500 Fast, Qiagen RotorGene
AspID permette una diagnosi in breve tempo, consentendo al clinico di avviare una terapia specifica. Il corretto utilizzo di AspID prevede la valutazione ed interpretazione del risultato in relazione al contesto clinico del paziente.
Aspergillus è intrinsecamente presente nell’ambiente e le spore sono trasportate nell’aria, c’è quindi la possibilità di contaminazione ambientale durante la preparazione del test. Inoltre Aspergillus può dare colonizzazione delle vie aeree, senza però sviluppare una patologia. Per questo motivo il risultato di AspID deve sempre essere valutato in relazione agli “host factors” ed i segni clinici presenti.
L’utilizzo di AspID in associazione ad altri test per l’identificazione di Aspergillosi Polmonare Invasiva, come AspLFD, test immunocromatografico (Lateral Flow Device), permette una miglior valutazione del paziente ed una diagnosi rapida e maggiormente accurata.
Il “Journal of Fungi, ha pubblicato il paper “Evaluation of the new AspID polymerase chain reaction assay
for detection of Aspergillus species: A pilot study”.
Gli autori sono: Juergen Prattes, Martin Hoenig, Stefanie E.-M. Zinke, Sven Heldt,Susanne Eigl, Gemma L. Johnson, Stephen Bustin, Evelyn Stelzl, Harald H. Kessler
Di cui riportiamo il riassunto:
The newly developed AspID PCR assay for detection of Aspergillus spp. was evaluated with an interlaboratory quality control programme panel and human bronchoalveolar lavage fluid (BALF) samples. With the quality control programme, 8 out of 9 panel members were correctly identified. With the clinical study, 36 BALF samples that had been obtained from 18 patients with invasive pulmonary aspergillosis (IPA) and 18 without IPA were investigated. Sensitivity, specificity, positive and negative likelihood ratio for the AspID assay were 94.1% (95% CI 73.3-99.9), 76.5% (95% CI 50.1-93.2), 4 (95% CI 1.7-9.5) and 0.1 (95% CI 0.01-0.5) respectively.
AspID, così come AspLFD, si può acquistare tramite trattativa diretta sul MEPA, presentando domanda all’ufficio amministrazione della propria struttura. Il kit, infatti, avendo prestazioni uniche sul mercato è accompagnato da dichiarazione di unicità. LionDx è a tua disposizione per formulare la migliore offerta e sostenerti nel percorso di richiesta e di acquisto.