ChapterDx MLSTnext
Innovative tests for genomic sequencing and typing of bacterial and fungal strains.
ChapterDx is a company specializing in the development of advanced molecular diagnostic solutions, with a special focus on next-generation sequencing (NGS) technologies through innovative assays for genomic sequencing and typing of bacterial and fungal strains, such as the MLSTnext system, designed for detailed genetic characterization of microorganisms.
Library prep for NGS by ChapterDx is performed in the following steps:
- DNA extraction (not provided in the kit)
- Multiplex PCR
- Pooling and purification
- Sequencing
During the PCR reaction, amplification and indexing/encoding of each sample occurs simultaneously. Once PCR is completed, the amplicons derived from the different samples are combined into a single tube. Subsequent steps, including cleanup and sequencing, take place on this single tube, regardless of the number of initial samples.
After the purification step, the library undergoes sequencing on an Illumina platform. The complete workflow takes about 24 hours, of which only 3 hours are devoted to library preparation (over 2 hours of incubation and 30 minutes of liquid handling) and the rest to sequencing. Data analysis is completed in less than 30 minutes.
ChapterDx’s NGS assays are designed to offer a next-generation sequencing solution that is high-resolution, simple and cost-effective.
ChapterDx HPV-STI Test:
- Detects and quantifies 41 pathogens among HPV and sexually transmitted infections in a single PCR reaction.
- The simplicity of the single-reaction format reduces testing time and cost.
Salmonella Serotyping:
- Analyzes 46 highly polymorphic loci, enabling detailed differentiation between Salmonella serotypes and discrimination between species of the same serotype.
- Ability to detect up to four different Salmonella species from the same sample.
MLSTnext Listeria Genotyping:
- Analyzes 69 polymorphic loci in the genome of Listeria monocytogenes, providing high-resolution genotyping to trace the source of contamination.
MLSTnext E. coli STEC:
- Analyzes 100 loci, including O antigens and virulence factors, enabling detailed typing and tracing of E. coli STEC.
MLSTnext Campylobacter Genotyping:
- Analyzes 80 loci in the genome of various Campylobacter spp. allowing serotypes to be distinguished and sources of contamination to be traced.
ChapterDx Microbial ID (16S Gene):
- Identifies a wide range of bacteria through 16S gene analysis, applicable for pathogen diagnosis, food contamination and environmental analysis.
ChapterDx Bacteria and Fungi ID:
- Analyzes 16S and ITS regions for comprehensive identification of bacteria and fungi, applicable in pathogenic and environmental settings.
MLSTnext Legionella:
- Analyzes more than 50 polymorphic loci in the Legionella genome, providing high-resolution serotypic typing and tracking of the source of contamination.
MLSTnext Cyclospora:
- High-resolution genotyping for Cyclospora detection and tracking by analyzing over 50 polymorphic loci.
MLSTnext Hepatitis A:
- Analyzes 10 polymorphic loci for genotyping of hepatitis A virus, useful for tracking foci of infection.
MLSTnext Mpox (Monkeypox):
- Sequences 21 polymorphic loci of Mpox virus, enabling advanced viral surveillance and lineage discrimination.
Aspergillosi polmonare invasiva, una diagnosi salvavita.
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La PCR quantitativa Real Time (qPCR) è diventata la tecnologia molecolare più utilizzata per le applicazioni diagnostiche progettate per rilevare e quantificare gli agenti patogeni. I test qPCR specifici per l’Aspergillus sono stati proposti come alternativa alle procedure diagnostiche convenzionali per l’Aspergillosi Invasiva, nei casi in cui la diagnosi e il trattamento precoci sono critici
AspID è un test qPCR multiplex che utilizza la chimica qPCR più diffusa, basata sul rilevamento della luce emessa da sonde di idrolisi e rilevata attraverso diversi canali fluorescenti. Il kit è progettato per rilevare il DNA genomico delle specie di Aspergillus clinicamente rilevanti, con identificazione simultanea dell’Aspergillus terreus, che fornisce informazioni clinicamente utili a causa della resistenza intrinseca di quest’ultimo all’Amfotericina B.
L’identificazione simultanea dell’Aspergillus terreus, permette di fornire informazioni clinicamente utili a causa della resistenza intrinseca del fungo all’Amfotericina B (antimicotico prodotto da Streptomyces nodosus e comunemente utilizzato per il trattamento di micosi profonde e sistemiche).
Il kit è validato per rilevare il DNA presente nei campioni diretti: BAL, siero e plasma.
Dunque, evita i metodi colturali riducendo il tempo di diagnosi dell’Aspergillosi Invasiva e aumentando la sopravvivenza del paziente.
AspID è un kit “aperto” in quanto è utilizzabile sui più comuni strumenti presenti nei laboratori. Ne citiamo solo alcuni.
ESTRAZIONE: Qiagen EZ1, QiaSymphony, Qiagen QIAamp spin column, Molysis from Molzym, Roche MagnaPure, Qiagen QIACube.
AMPLIFICAZIONE: BioRad CFX96, Illumna Eco, PCR MAX Eco, Roche LC480 (II), BMS MIC, ABI 7500 Fast, Qiagen RotorGene
AspID permette una diagnosi in breve tempo, consentendo al clinico di avviare una terapia specifica. Il corretto utilizzo di AspID prevede la valutazione ed interpretazione del risultato in relazione al contesto clinico del paziente.
Aspergillus è intrinsecamente presente nell’ambiente e le spore sono trasportate nell’aria, c’è quindi la possibilità di contaminazione ambientale durante la preparazione del test. Inoltre Aspergillus può dare colonizzazione delle vie aeree, senza però sviluppare una patologia. Per questo motivo il risultato di AspID deve sempre essere valutato in relazione agli “host factors” ed i segni clinici presenti.
L’utilizzo di AspID in associazione ad altri test per l’identificazione di Aspergillosi Polmonare Invasiva, come AspLFD, test immunocromatografico (Lateral Flow Device), permette una miglior valutazione del paziente ed una diagnosi rapida e maggiormente accurata.
Il “Journal of Fungi, ha pubblicato il paper “Evaluation of the new AspID polymerase chain reaction assay
for detection of Aspergillus species: A pilot study”.
Gli autori sono: Juergen Prattes, Martin Hoenig, Stefanie E.-M. Zinke, Sven Heldt,Susanne Eigl, Gemma L. Johnson, Stephen Bustin, Evelyn Stelzl, Harald H. Kessler
Di cui riportiamo il riassunto:
The newly developed AspID PCR assay for detection of Aspergillus spp. was evaluated with an interlaboratory quality control programme panel and human bronchoalveolar lavage fluid (BALF) samples. With the quality control programme, 8 out of 9 panel members were correctly identified. With the clinical study, 36 BALF samples that had been obtained from 18 patients with invasive pulmonary aspergillosis (IPA) and 18 without IPA were investigated. Sensitivity, specificity, positive and negative likelihood ratio for the AspID assay were 94.1% (95% CI 73.3-99.9), 76.5% (95% CI 50.1-93.2), 4 (95% CI 1.7-9.5) and 0.1 (95% CI 0.01-0.5) respectively.
AspID, così come AspLFD, si può acquistare tramite trattativa diretta sul MEPA, presentando domanda all’ufficio amministrazione della propria struttura. Il kit, infatti, avendo prestazioni uniche sul mercato è accompagnato da dichiarazione di unicità. LionDx è a tua disposizione per formulare la migliore offerta e sostenerti nel percorso di richiesta e di acquisto.